Le territoire se situe sur la zone géographiquement homogène que constitue le premier plateau du massif du Jura : l’altitude varie de 420 m (à Chaux les Passavant dans la vallée de l’Audeux) à 1 092 m (au Mont Chaumont à Longemaison).

Les Portes du Haut Doubs bénéficie d’un environnement souvent décrit comme verdoyant, attractif avec un paysage équilibré, un habitat dispersé et typiquement rural avec les fermes comtoises. Il est traversé par des routes importantes : la N57 en direction de Pontarlier et Lausanne et la D461, dite « route des microtechniques » qui relie Besançon à la Chaux de Fonds. Grâce à ces deux axes, et à sa proximité avec Besançon, le Pays des Portes du Haut Doubs est extrêmement attractif.